Структурно клиниката е разделена на няколко основни звена:
Отделение по детска коремна хирургия
(за деца от 3 до 18 годишна възраст)
Отделение по хирургия на новороденото и вродените аномалии
(за деца от 0 до 3 годишна възраст)
Отделение по детска гръдна хирургия
(за деца от 3 до 18 годишна възраст)
Отделение по детска ортопедия и травматология
(за деца от 0 до 18 годишна възраст)