Структурно клиниката е разделена на три основни звена:
Отделение по детска коремна хирургия (за деца от 0 до 3 годишна възраст)
Отделение по хирургия на новороденото и вродените аномалии (за деца от 3 до 18 годишна възраст)
Отделение по детска гръдна хирургия (за деца от 3 до 18 годишна възраст) и приемен сектор с триаж, противошокова зала, приемен и консултативен кабинет.
Отделение по детска ортопедия и травматология (за деца от 0 до 18 годишна възраст)
Още от основаването си, клиниката заема водеща за България роля в различни направления на детската хирургия:
– диагностично-лечебна;
– организационно-методична и консултативна дейност;
– научно-изследователска и внедрителска дейност;
– обучението на студенти и специализанти.
Клиниката осъществява денонощна консултативна, диагностична, лечебна и хирургична дейност на деца с различни хирургични заболявания. Също така осъществява методична и консултативна дейност по отношение хирургични проблеми в други хирургични и педиатрични звена в София и цялата страна. В сътрудничество с останалите детски звена, разположени на територията на болницата: клиника по детска травматология, клиника по детска урология, отделение по детска неврохирургия и отделение по детско изгаряне и пластика, както и отделение по детска токсикология, Университетската многопрофилна болница „Н.И.Пирогов” е уникален диагностично-лечебен център способен да разрешава проблемите на хирургичните заболявания и особено в случаи на на тежък комбиниран травматизъм в детската възраст.
Клиниката е утвърден Национален център по проблемите на детската хирургия и Център по комбинирана травма. Оказва се денонощна специализирана и висококвалифицирана спешна, срочна, планова, диагностична и лечебна дейност при деца на възраст от 0 до 18 годишна възраст.
В клиниката се лекуват деца с вродени и придобити хирургични заболявания на шията, гръдния кош, корема и гениталиите. Клиниката е лидер в лечението на болестите на ингвино-скроталната област. В ролята си на „Републикански консултативен и лечебен център” в клиниката се превеждат всички най-тежки случаи от цялата страна.
В клиниката за пръв път за България е разработена и внедрена мини-инвазивната хирургия при деца – видеоасистирана торакоскопска и лапароскопска хирургия. Извършват се сложни пластични операции от областта на вродената и придобита езофагеална, белодробна, чернодробна и интестиналната патология, колопроктологията, хирургичната онкология. Смъртността при детските хирургични заболявания е сведена до много ниски нива, съпоставими с най-добрите световни постижения.
Клиниката по детска хирургия е база за обучение на студенти по медицина успоредно с това е и център за следдипломна квалификация на детски и общи хирурзи, педиатри, специалисти по обща медицина. В клиниката са защитени множество докторски и кандидатски дисертации. Издадени са редица ръководства и монографии по детска хирургия. Кадрите на клиниката ежегодно участват в специализирания медицински печат с публикации, доклади и съобщения на научни конгреси, конференции в страната и чужбина.
Годишно през клиниката преминават около 30 000 деца, като около 10 000 от тях, с хирургични заболявания се хоспитализират. Годишно се осъществяват около 3000 операции.